Əhməd bəy Ağaoğlunun XX əsrin əvvəllərinin dövri mətbuatında nəşr olunan dünya dinlərinin yaranma tarixinə, inkişaf yollarına, dinlərin bir-birinə təsirinə, münasibətinə, şəriət hökmlərinə və s. məsələlərə həsr olunmuş yazıları onlarladı. Bu nəşrlər onun dünya dinlərinə münasibətini tam aydın göstərir. Əhməd bəy dünya dinlərinə öz yaradıcılığında obyektiv münasibət göstərmişdir. O, yaradıcılığı boyu bu tarazlığı qoruyub saxlaya bilmişdir.                                                                                   
     
     Əhməd bəy Ağaoğlunun İslam dininə münasibəti birmənalı olaraq, müsbət olmuşdur. Əhməd bəy Avropada təhsil almasına, Qərb ədəbiyyatı, tarixi, fəlsəfəsi, mədəniyyəti ilə yaxından tanış olmasına, dünyagörüşünün formalaşma prosesinin məsul bir dövründə xristian əqidəli mütəfəkkirlərin əhatəsində yaşamasına baxmayaraq, İslam dininə, onun Peyğəmbərinə və ailə üzvlərinə (Əhli-beytə), Qurana dərin inam və etiqadına heç bir zaman xələl gətirməmişdir. O, dünya dinləri içərisində İslam dininə xüsusi hörmət bəsləyirdi, İslamın dünya tarixində oynadığı rolu yüksək qiymətləndirirdi. Ədib Qərbdə geniş yayılan, müxtəlif mövqelər tərəfindən dəstəklənən “panislamizmə’’ aid bir çox məqalələr yazmışdır. Əhməd bəy yaradıcılığı vasitəsilə çalışırdı ki, panislamizm haqqında yanlış məlumatların, həyəcan təbillərinin qarşısını ala bilsin. Əhməd bəy eyni zamanda panislamizmi mürtəce bir hərəkat kimi qələmə verənlərlə, müsəlman olmayan xalqlarda İslam dininə qarşı qəzəb və nifrət oyadanlarla, öz məkrli siyasətlərini həyata keçirməyə səy göstərənlərlə mübarizə aparırdı. Onların iç üzlərini açıb göstərməyə, İslam dini barədə deyilənlərin doğru olmadığını sübut etməyə çalışırdı. Əhməd bəy Ağaoğlu “Panislamizm, onun xarakteri və istiqaməti” adlı məqaləsində məqsədinə nail ola bilmişdi. Əhməd bəy İslamın müqəddəs kitabı olan Quranın hər cür millətçiliyə qarşı olduğunu bildirirdi. Quran bildirir ki, bütün möminlər qardaşdırlar. Möminlər Allah və Quran qarşısında bərabərdirlər və heç kim bir-birindən üstün deyil. İslamda millət ayrıseçkiliyi yoxdur. Sənin türk, ərəb, fars, hindu, zənci, ağ və qara olmağının heç bir fərqi yoxdur. İslam dini bütün müsəlmanları bərabərlik prinsipləri əsasında dəyərləndirir. Müsəlmanlar arasında fərqlilik yoxdur, onların fərqliliyi yalnız itaətin dərəcəsindədir. Yaradana və onun qayda-qanunlarına nə dərəcə vicdanla əməl etməyindədir. Əhməd bəy Ağaoğlu özünün “Panislamizm, onun səciyyəsi və istiqamətləri” (1900), “İslamın mənşəyi, onun Xristianlığa və Yəhudiliyə münasibəti” (1903), “Ricəti-İslam” (1909) kimi əsərlərində İslam dininin xüsusiyyətlərindən bəhs etmişdir. O, bu əsərlərində xalqı İslam dininin qayda-qanunlarına əməl etməyə səsləmişdir. Eyni zamanda o, bu əsərlərində İslam dinindən öz məqsədləri üçün sui-istifadə edən ruhaniləri, müftiləri, şeyxülislamları da ifşa etmişdir, onları İslamın yüksək dəyərə malik əхlaq prinsiplərini, bəşəri mahiyyət daşıyan ideyalarını nüfuzdan salmaqda mühakimə etmişdir. Buna səbəb kimi də Əhməd bəyin çox ziddiyyətli bir dövrdə yazıb-yaratmağı göstərilmişdir. XX əsrin əvvəlləri dövründə cəmiyyətdə elmsizlik, cəhalət, nadanlıq, dinə, din xadimlərinə inamsızlıq o qədər yüksək səviyyədə idi ki, bu dövrdə yazılan əsərlərdə də ədəbi tarazlığı qorumaq həddindən artıq çətin idi. Əhməd bəy Ağaoğlu “Nədən bu günə qaldıq?” məqaləsində yazır ki, müsəlmanlar üçün nicat yolu ancaq Qurandır. Ondan başqa bizim qurtuluş yolumuz yoxdur. Əhməd bəy Avropa ilə Şərqi müqayisə edərək qeyd edir ki, Avropa necə cəhalətdən və zülmətdən Jan Husların, Lyüterlərın, Qalonilərın və Qromeylərın vasitəsilə çıxdısa müsəlmanlarda cəhalətdən və zülmətdən Quran vasitəsilə çıxacaqlar. Əhməd bəy məqalələrində İslam dininin siniflərə, təbəqələrə, zümrələrə qarşı münasibətini tam şəkildə əks etdirə bilmişdir. O,müsəlmanların düşdükləri ağır və çətin vəziyyətdən  çıxış yolunu Qurana, Allaha yalvarmaqda görürdü. Əhməd bəy çox yaxşı anlayırdı ki, insanların maddi və mənəvi həyatında İslam dininin rolu danılmazdır. Müsəlmanların bir ümmət kimi, bir millət kimi formalaşmasında, İslam dininin qadağan etdiyi, nifrət etdiyi zülmə, istismara, ədalətsizliyə qarşı mübarizənin rolu böyükdür.Müsəlmanların birləşməsində,  cəmiyyətdə hökm sürən mənfi hallara qarşı mübarizə işində iman, əqidə, inam, etiqad kimi məfhumlar böyük rola malikdir. Necə ola bilir ki, bu qədər humanist dəyərlərə malik olan bir dinə mənsub olan millət çətinliklər zamanı doğru yolu tapa bilmir? Əhməd bəy bu sualın cavabını “İdareyi-ruhaniyyəmizin islahı” məqaləsində cavablandırmışdır. Əhməd bəy yazır ki, Allahı, Quranı dünya malına, mənsəbə, dövlətə satanlar xalqın, kütlənin inandıqları yüksək rütbəli ruhanilərdir. O, yüksək rütbəli ruhaniləri ifşa edərkən, onları bu vəzifəyə məqsədli şəkildə yerləşdirən hökumət, dövlət məmurlarının rəzil üzlərinidə ifşa edə bilmişdir. Əhməd bəy “İdareyi-ruhaniyyəmizin islahı” məqaləsində xalqa haqdan, ədalətdən, sədaqət və etiqaddan, halal-haramdan, insana qayğıdan, məzluma, yetimlərə, əlsiz-ayaqsızlara yardımdan, qeyrət, namus, mənlik və vicdanın təmizliyindən, xalqa sədaqətlə xidmət etməyin fəzilətindən danışan dövlət ruhanilərinin özlərinin törətdikləri cinayətlərikəskin ifşa etmişdir. İdareyi-ruhaniyyələri, şeyxül-islamlığı, müftiliyi təsis edən hökumətin əsas məqsədi idareyi-ruhanilər vasitəsilə müsəlmanları özünə tabe edib, onları öz məqsədləri üçün istifadə etmək idi. Bu məkirli planı görüb, başa düşən Əhməd bəy xalqın gözünü açmaq üçün camaatla görüşlər keçirir, məqalələr yazır, onları maarifləndirmək üçün bütün yollara əl atırdı.                                                   

     Əhməd bəyin “Nədən bu günə qaldıq?” məqaləsi katolik məzhəbinin bəşər mədəniyyətinə, incəsənətinə, ədəbiyyatına, tarixinə, mənəviyyatına vurduğu ağır zərbələrdən, səlib yürüşlərindən, katolik ruhanilərinin göstərişi ilə görkəmli alimlərin diri-diri tonqallarda yandırılmasından, əsrlər boyu toplanan elm və biliklərin xəzinəsi olan kitabxanaların yandırılıb məhv edilməsindən, maddi mədəniyyət və tarixi abidələrin, əvəzsiz sənət incilərinin vəhşiliklə məhv olunmasından ürək ağrısı ilə bəhs edir. Əhməd bəy “Nədən bu günə qaldıq?” məqaləsindəki fikirlərinin doğruluğunu fransız mütəfəkkiri və yazıçısı olan Volterdən sitat gətirərək təsdiq edir. Məşhur  Volter “Qandid” adlı əsərində deyir: “Xristian aləmində mənfur və məkruh nə qədər işlər və əməllər zühur etdisə, buna səbəb xristian dini oldu. Yəni katolik ruhanisi oldu. Bir sözlə, xristianlıq dini yarandıqda, xristianlığın bərəkətindən Yunan və Rum mədəniyyəti  məhv oldu. Bu min dörd yüz il müddətində Avropa heç bir elmə və fənnə dair kitab üzü görmədi. Elə bir cəhalət, zülm, fəsad üz verdi ki, dünya yaranandan bəri elə bir zülm görməmişdi.                                                                      

     Əhməd bəy İslam dini ilə Xristian dinini müqayisə edərək qeyd edir ki, İslam dininin mərkəzində ən şərəfli və hörmətli, heç bir şeylə əvəz oluna bilməyən, ən qiymətli varlıq olan insan durur. Yaradan yaratdığı insanın simasında təcəlli edir: insan  nə qədər böyük işlər edərsə, insanlara nə qədər xeyir, fayda verərsə, nə qədər çox ali və ülvi məqsədlərin gerçəkləşməsinə çalışarsa, bir-birinə kömək edərsə, bir-birinə qayğıgöstərərsə, zəruriyyət məqamında öz canını, malını başqalarının yolunda sərf edərsə, bir о qədər Yaradanın sevgisini qazanar, ona daha da çox yaxınlaşar. Əhməd bəy daim öz əsərlərində İslam dininin elmin, tərəqqinin, maarifin tərəfdarı olduğunu qeyd etmişdir. O, bildirirdi ki, İslam dini insanları həyatı, həqiqəti dərk etməyə, ədalətli olmağa, vətəni, torpağı, namusu göz bəbəyi kimi qorumağa, valideynə, elm sahiblərinə, ağsaqqallara, ağbirçəklərə, yaşlılara, kiçiklərə qarşı səmimi olmağa, hörmət göstərməyə, qayğı ilə yanaşmağa çağırır. Əhməd bəy qeyd edirdi ki, İslam dininin elm tərəfdarı olması Məhəmməd peyğəmbərin elm öyrənməyin vacibliyi haqqında söylədiyi kəlamdan aydın olur: “Elm Çində belə olsa, arxasınca gedin!”, “Elmi öyrənmək beşikdən qəbrədək vacibdir”, “Elm öyrənmək həm kişi, həm də qadın üçün zəruridir”, “Alimin qələminin mürəkkəbi ilə şəhidin pak qanı eyni dərəcədə müqəddəsdir”.                                                                                              
     Əhməd bəy yazır ki, Xristianlıqda təqib olunan, odda yandırılan alimlər, ustadlar İslamda izzət tapıblar. İslam dininə sığınan xristian alimləri hər yerdə zövq və səfa içində qarşılanmışlar, bu alimlər Şam və Bağdadda yerləşmişlər. Öz dilləri olan Yunan, Rum, Fars, Hindu dillərində ədəbiyyata, riyaziyyata, tibbə, həndəsəyə aid olan kitabları ərəb dilinə tərcümə etmişlər. Müsəlmanların xristian alimlərini mühafizə etmələri  İslam dininin insaniyyətə və elmə verdiyi dəyərin nümunəsi idi. Əhməd bəyin Xristianlıq və İslam səmavi dinləri haqqında fikirlərində onlardan hər hansı birinə daha çox tərəfkeşliyi heç bir zaman hiss olunmayıb. Baxmayaraq ki, o, müsəlmandır, eyni zamanda o, aydın təfəkkürlə fikirləşə bilən, ədalət meyarını hər bir zaman əsas tutan və qərəzdən uzaq olan bir mütəfəkkirdir. Əhməd bəy çox zaman xristianlarla bərabər, müsəlmanların da nöqsanlarını, çatışmayan cəhətlərini göstərir və qələmi kəskin olan tənqidçi kimi tənqid edirdi. O, bildirirdi ki, hər iki səmavi din insanları hidayət etmək üçün göndərilib və buna da xidmət edir, lakin bir çox hallarda təbliğatçılar tərəfindən buraxılan səhvlər və nöqsanlar nəticəsində hər iki din haqqında mənfi fikirlər formalaşıb.                                                                             

     Əhməd bəy Ağaoğlu insanlığın inkişafında dünya dinlərinin rolunu, ictimai həyatda dinlərin təsirini yüksək qiymətləndirirdi. О, dini inancın təkcə Allaha inanmaqla, ona itaət və ibadət etməklə bitmiş sayılmasına qarşı idi, din insanın mənəviyyatın formalaşdırmalıdır, sağlam fikir və düşüncəyə əsaslanmalıdır fikrində idi. İslam dini daha çox əxlaqi məsələlərə diqqət yetirirdi. Əhməd bəy bu cəhəti təhlil edərkən yüksək və zəngin mənəviyyata sahib olan insanların cəmiyyətdə daha çox dəyər gördüyünü qeyd edirdi. Cəmiyyət İslamın vacib şərtlərindən biri olan “bütün möminlər qardaşdırlar” ideyası altında birləşsə, bu quruluş insanların dünyagörüşünün istiqamətini dəyişib inkişaf etdirə bilər, artıq cəmiyyətdə nöqsan və eybəcərlik olmaz, neqativ hallar son dərəcə azalar. Əhməd bəy Ağaoğlu cəmiyyətin şüurunu oyatmağın yollarından birini də dini dəyərləndirməkdə və nəticə çıxarmaqda görürdü. Əhməd bəy müsəlmanların geriliyinin bir səbəbini də onların İslamı düzgün anlayıb, dərk edə bilməməklərində olduğunu deyirdi. Lakin, o, ümid edirdi ki, bu yuxu çox çəkməyəcək, gec-tez müsəlmanlar oyanacaqlar.                                          

     Əhməd bəy yazırdı ki, Allaha, Qurana inam, itaət insanın əməlində, işində öz əksini tapmalıdır. Əməlsiz, hərəkətsiz, fəaliyyətsiz inam, əqidə boşluqdan başqa bir şey deyildir. Allaha, Qurana inanmaq, onlara sədaqətli olmaq işdə özünü təsdiqləməlidir. İslamı qəbul edən hər bir insan zahiri olaraq müsəlman adlanır. Həqiqi müsəlman isə hərəkəti ilə özünü doğrultmalıdır. İslamın “bütün möminlər qardaşdırlar” ideyası, şüarı müsəlmanları birliyə, həmrəyliyə, dilindən, irqindən, yaşadığı ölkədən, statusundan asılı olmayaraq bir-birinə köməyə, zülmə və ədalətsizliyə qarşı mübarizədə bir olmağa səsləyir. Əhməd bəy İslam dinini təhlil edərkən bildirir ki, bu din insanı bütün yaranmışların əşrəfi, ən qiymətlisi hesab edir. İnsan həmişə yaradılışının məqsədinə uyğun olaraq ülvi əməllər nümayiş etdirməlidir. Əhməd bəy Ağaoğlu yazırdı ki, biz müsəlmanların gücü bizim birliyimizdədir. O, deyirdi ki, Quran həmişə fərdiyyətçiliyə, pərakəndəliyə qarşı çıxmışdır. Bütün müsəlmanlar qardaşdırlar, qardaşların gücü də həmrəylikdədir. Əhməd bəy İslam dinini cəmiyyətin dayağı, sütunu hesab edirdi. O, deyirdi ki, İslam  dini cəmiyyəti vəhşilikdən, zülmətdən, zillətdən, tənəzzüldən qurtarıb mədəniyyət və inkişafa çatdırmışdır. Əhməd bəy “Müsəlman xalqlarının vəziyyəti” adlı silsilə məqalələrində də İslamın və müsəlmanların məğlubiyyətinin səbəblərini araşdırır və çıxış yolunu da İslamı bərpa etməkdə görürdü. “Kaspi”, “İrşad” və “Həyat” qəzetlərində Əhməd bəy Ağaoğlu  yazırdı ki, axirət dünyasında xoşbəxt yaşamaq üçün gərək fani dünyanı о əbədi dünyaya qurban verəsən. Əhməd bəy bildirirdi ki, Yusif və Musadan başlayaraq, İsaya qədər bütün peyğəmbərlər eyni kəlamı, eyni həqiqəti insanlara çatdırmışlar. Onların insanlara təbliğ etdiyi Allahın birliyi, ruhun əbədiliyi, axirət, xeyrin şər üzərində mütləq qələbə qazanması məsələləri bütün səmavi dinləri birləşdirirdi. Əhməd bəy qeyd edirdi ki, dünya dinlərini bir-birindən fərqləndirən cəhətlər onların dilinin, ifadələrinin formasının, fikirlərin müxtəlifliyi idi. Ümumilikdə isə onlar eyni bir ideyanı - Allahın həqiqət olan iradəsini insanlara çatdırmaq ideyasını cəmiyyətə yayırdılar. Bu onları birləşdirən müqəddəs peyğəmbərlik vəzifəsi idi. İlk yaradılışdan başlayaraq, kitabla müjdələnən bütün peyğəmbərlərin Musanın, Davudun, İsanın, Məhəmmədin, Zərdüştün, Buddanın və Brəhmənin tək amalı insaniyyətə düzgün yolu göstərmək olub. Ümumiyyətlə, Əhməd bəy bütün dini kitabları: Tövratı, Zəburu, İncili, Quranı, Zənd-Avestanı, Vedaları eyni dərəcə müqəddəs sayıb, bütün dini kitabların eyni bir amala xidmət etdiyi fikrində idi.                                                              

     Əhməd bəy Ağaoğlu İslam və Xristianlığı təhlil edərək bildirir ki, hər iki din təkallahlılığı təbliğ edir. Hər iki din arasında mənəvi bir bağın olduğunu bildirirdi. Əhməd bəy ingilis şərqşünası olan Maks Müllerin bu iki din haqqındakı “İllər ötəcək,  xristianlar Məhəmmədi İsanın silahdaşı, İslam dinini isə xristianlığın məzhəbi kimi tanıyacaqlar və onda həm xristianlar, həm də müsəlmanlar onların tarixində baş verən mübarizə və qarşıdurmalara təəccüb edəcəklər” fikrini dəstəkləmişdir.                             

     Əhməd bəy Ağaoğlunun fikrincə, xalqların milli mənsubiyyəti onların ibadət etdikləri din ilə bağlılığı yoxdur. Çünki, tarixdə dinini ən azı iki dəfə dəyişməyən millət demək olar ki, yoxdur. Türklərin ilk ibadət etdikləri din şamanizm, sonra başqa bir çox dinlər və sonda İslam dini olub. Ərəblər də islamiyyətdən əvvəl bir neçə dinə ibadət edirdilər. Ərəblərin böyük bir hissəsi bütpərəstlik dininə mənsub idi.                            

     Əhməd bəy Ağaoğlu o fikirdə idi ki, din dövlətdən ayrı olmadır. Din dövlət işlərinə qarışmamalıdır. O buna misal olaraq, Xristian dinini göstərirdi ki, Xristianlığın müqəddəs kitabı olan İncil bütünlüklə Hz. İsanın həyatından və dualardan ibarətdir. İncildə dövlətin idarə olunmasına, müharibələrin başladılmasına, aparılmasına, qənimətlərin bölünməsinə və s. kimi maddiyyatlar yoxdur. Hz. İsanın otuz bir yaşında təqib olunaraq, xəyanət nəticəsində tutulub çarmıxa çəkilməsinin nəticəsində o, amalını davam etdirə bilmir. İslamla Xristianlığı müqayisə edən Əhməd bəy bildirirdi ki, Hz. Məhəmməd Hz. İsa kimi peyğəmbərliyinin ilkin mərhələsində ancaq İslam dininin hökmlərini camaata çatdırırdı, onları haqq yoluna dəvət edirdi. İslamın ilkin  dövrlərində Qurani-Kərim dünya işlərindən bəhs etmirdi. İslamda dünya işlərinə aid bütün ilahi hökmlər Mədinəyə hicrət etmək məcburiyyətindən, müsəlmanların həyatı Məkkədə böyük bir təhlükə qarşısında qalandan sonra Peyğəmbərə vəhy olunmuşdur. Qurani-Kərimin dünya işlərinə qarışmasını və nizamlamasını labüd edən məsələlər vardır. Müsəlmanlar bütün mülklərini, sərvətlərini, evlərini Məkkədə qoyub, heç nə götürə bilmədən ordan çıxmışdılar. Mədinədə böyük bir kütləyə yaşam şəraiti yaradılmalı idi. Məkkə fəth edilməli idi, çünki hicrət edənlərin bir qisminin yaşlıları, qadınları, uşaqları Məkkədən çıxa bilməmişdi. Məkkədə möminləri təqib edənlər, onları geri qaytarıb, öldürmək üçün Mədinə camaatı ilə döyüşə başlamağı planlaşdırırdılar. Möminlərin bu çətin vəziyyətinə görə Qurani-Kərim dünya işlərində də onlara rəhbər, yolgöstərici oldu. Lakin İncildə belə bir müdaxilə olmadı. Əhməd bəy bunu belə əsaslandırırdı ki, Hz. İsanın ömrünün qısa olması ona dünya işlərinə qarışmaq, xalqa rəhbərlik etmək, camaata maddi həyatqurmaq imkanı vermədi. Hz. İsa peyğəmbər də daha çox yaşayıb, əhaliyə hakimlik etsəydi, o zaman İncildə də dünya işlərinə aid bir çox hökmlər olacaqdı. Ümumilikdə isə nə islamiyyət yalnız Qurandan və nə də ki xristianlıq yalnız İncildən ibarət deyil. Hər iki səmavi din, bu kitablarla yanaşı bir çox ənənələrin, rəvayət və hədislərin, imamların və böyük din xadimlərinin davranış, görüş və fikirlərinin toplusundan ibarətdir. Hz. İsa zamanında Xristianlıq dünya işlərinə qarışmasa da sonralar papaların fərmanları, ilahi hökmlərin dəyərində idi. Onlara itiraz etməyi, qəbul etməməyi heç imperatorlarda bacarmırdı. Roma imperiyası süqut etdikdən sonra, Avropaümumi qarışıqlıq içində idi və nizamlı bir qüvvəyə sahib olan tək varlıq “katolik kilsəsi” idi. Katolik kilsəsi təcavüzə və zülmə qarşı nüfuzlu bir sığınacaq rolunu oynayırdı. Zülmə uğrayanlar- zəiflər, biçarələr, köməksizlər katolik kilsəsinə sığınır və katolik kilsəsi də bundan istifadə edərək, öz mənəvi və maddi nüfuzunu artırırdı. Hökm sürən dərəbəylik buna şərait yaradırdı. Katolik kilsəsi öz mənafeyinə uyğun olaraq, ona lazım olan vaxtlarda xalqı zülmkarlara qarşı müdafiə edir, olmayanda isə zülmkarların xalqa qarşı etdikləri zülmləri görməzdən gəlirdi. Dindən aldığı mənəvi gücə arxalanan kilsə ona qarşı çıxan hər kəsi qarşısında diz çökdürə bildi. Dünya miqyasında, maddi və mənəvi hakimiyyət kilsənin ixtiyarında idi. Bu qədər çox güclənən Katolik kilsəsi özünü dünya və axirətin, cənnət və cəhənnəmin sahibi sayırdı. Artıq İncilin hökmlərinin yerini sünnətlər, kilsə böyüklərinin hərəkətləri, konsulların, Papaların qərarları tuturdu. Papaların qərarları da İncil qədər müqəddəs sayılırdı və onlara itaət edilməsi məcburi idi. Ölkələri hökmdarlar yox, Papalar idarə edirdi. Hökumətlər və hökmdarlar isə öz növbələrində kilsənin dövlət idarə etməsinə qarışmasına, hökmdarın hökmranlığını məhdudlaşdırmasına dözə bilmirdilər. Artıq cəmiyyətdə elmin inkişafının nəticəsində kilsəni zülmün qaynağı görürdü. Kilsə ilə xalq arasındakı birlik, mətanət, razılaşma, bağlılıq, dayanışma məhv olmuşdu. Kilsənin özbaşınalıqları xalqın qəzəbinə səbəb olurdu. Cəmiyyət artıq kilsənin onlara qanunlar qoymasını, insanların fikir və duyğularını yönləndirməsini istəmirdi. Dində artıq məcburiyyət yox idi. Dində məcburiyyətin aradan götürülməsi ilə Avropada dindar olan bir kimsə həqiqi, öz istəyi ilə dindar oldu. Bunun nəticəsi olaraq, kilsəyə Hz. Məryəmin rəsminə mum yandırma bəhanəsi ilə oğurluğa gedənlər artıq yox idi, keşişə pul verərək cənnət qəbzləri satın alanlar yox idi, məcburiyyətdən, Papaların qorxusundan kilsələrə gedənlər yox idi, ibadət adı altında kilsələrdə vaxt keçirənlər yox idi. Din çirkablardan təmizlənmiş, öz əvvəlki missiyasına geri dönmüşdü. Avropada dinin dövlətdən ayrılması ilə işlər dəyişdi. Artıq kilsələr özlərinə aid olan sahələrə nəzarət etdilər.                                                                                                       
     Əhməd bəy Ağaoğlu İslam dinini başqa dinlərlə müqayisə edərək, bu qənaətə gəlir ki, İslamı digər dinlərdən fərqləndirən eyni zamanda bütün müsəlmanları bir nöqtədə cəmləyən inanclar və ibadətlərdir. İslamın əsas özəlliyi, yaradanla qul arasındakı münasibətləri tənzimləyən ibadətlərdir. İslamı bütün dinlərdən, bütün digər ümmətlərdən ayıran, bütün islam məzhəblərini bir nöqtədə birləşdirən məhz bu ibadətlərdir. Yaradanla qul arasındakı ibadətlərin qayda-qanunu haqqında Qurani-Kərimdə xüsusi bir hökm ayəsi yoxdur. İslamın başlanğıcından bu günə qədər, tanrı birliyinə aid olan heç bir ayəyə dəyişiklik olmamışdır. Bu onunla əlaqədardır ki, İslamda əsas inanclar və ibadətlərdir. İnanclar və ibadətlər əbədidir, dəyişməzdir. Qurani-Kərimdə əsas inanclar və ibadətlərdir, dünya işlərinə aid olan qismlər isə ikinci dərəcəlidir. Dünya işlərinə aid olan qismlər islama məcburiyyətdən, ehtiyacdan daxil edilmişdir. Hz. Məhəmmədə “Biz sizdən sonra dünya işlərində çətinlik çəksək, bu məsələni necə həll edək?”- sualına “Ağlınızla həll edin” deyə buyurmuşdur. Hz. Məhəmmədin bu sözlərini əsas göstərən Əhməd bəy Ağaoğlu bildirir ki, inanclar və ibadətlərdə dinə bağlı olduğumuz halda, dünya işlərində ağıl həddində tamamilə sərbəstik. Dünya işlərimizi, maddi həyatımızı, mənfəətimizi əsas tutaraq, istədiyimiz kimi yönləndirə bilirik.                                                                                               

     Əhməd bəy Ağaoğlu öz yaşadığı dövrü İslamın ilkin yaranması zamanı ilə müqayisə edərək, bir çox acı həqiqətləri göstərib, onlara tənqidi mövqeyini bildirir. O, bu barədə fikirlərini belə əsaslandırır ki, qonşularımız və qohumlarımız ac olarkən, çətinlikləri varkən, biz onlara qarşı tamamilə laqeyd oluruq. Əhməd bəy dini həyatın ictimai baxımdan tamamilə çökməsini bir çox fikirləri ilə təsdiqləyir. Dinimiz cümə namazını camaatla birgə qılınmasını vacib buyurduğu halda, başqa namazların da yenə camaatla birgə qılınmasının savabının çoxluğuna görə, müsəlmanların bir yerə yığışıb bir-birinin dərdinə şərik olması, hal-əhval tutması üçün vacib buyurulduğu halda  bu gün bu əmrlərə itaət edən möminlər çox az qalmışdır. Bu səbəblərin nəticəsidir ki, gerçəkdin bizdə çökmüşdür. Əhməd bəy dini bu hala gətirənləri, məscidləri boş qoyanları, insanları bir-birindən uzaqlaşdırmaq istəyənləri tənqid etmiş, onların niyyətlərini ifşa edə bilmişdir. İnsanları məscidlərdən uzaqlaşdıran bir cəhətdə yüz illərdən bəri təkrarlanan, xalqın başa düşmədiyi dildə olan xütbələr idi. Bu xütbələr xalqın mənəvi və maddi ehtiyaclarının heç birini təmin edəcək qüvvədə deyildi və dinləyənlərində böyük əksəriyyəti tərəfindən başa düşülmürdü. Əhməd bəy xütbələrin Hz. Məhəmməd və dörd xəlifə zamanındakı xütbələrdən çox fərqləndiyini, zaman və məkanın ehtiyaclarına uyğun olmadığını, yüksək din fikirlərini özündə cəmləmədiyini, əxlaq prinsipləriniaçıqlamadığını, xalqa heç bir xeyir vermədiyini, keçmişdə deyilənləri təkrarladığını əsas gətirərək, onları tənqid edirdi. O qeyd edirdi ki, bu xütbələr xalqın cəhalətini artırmaqdan başqa bir iş görmür. Əhməd bəy eyni zamanda məscidlərdə gözəl səslərin, insan qəlbinə rahatlıq verən ilahilərin, Qurani-Kərimin ayələrinin, gözəl səsli müəzzinlərin yoxa çıxmasından şikayət edib, buna səbəb olanları tənqid edirdi. O, xalqa mənəvi rahatlıq verən ilahilərə, Qurani-Kərimin ayələrinə xalqın ehtiyacının olmasını anlayıb, bu ilahilərinöz dilində olmasını məqsədə uyğun sayırdı. Ümumiyyətlə İslam dini ayrı yaşamağa, bir-biri ilə əlaqəni kəsməyə, öz dərdini tək içində çəkməyə, dostluğun itməsinə qarşı idi. Bunların olmaması üçün İslam dinicamaatın bir yerə təşkil olunmasını vacib buyurmuşdur. Əhməd bəy Ağaoğlunun fikrincə, xütbələr, camaat namazları, azan bu amala xidmət etmək üçündür.                                                                                                       

Əhməd bəy Ağaoğlu “Üç mədəniyyət” əsərində Zərdüştlük dini haqqında yazırdı ki, “İslamiyyətdən ən aşağı min beş yüz il əvvəl, iranlılar daha sonra avropalıların “Droit Divin” dedikləri ilahi hüquq nəzəriyyələrini yaymışlar və Zərdüştün müqəddəs kitabı Zenda Vestaya keçirmişlər. Bu nəzəriyyəyə görə, hökmdar qüdrət və ixtiyarını doğrudan-doğruya yaradandan alır və səltənətə başladığı dəqiqədən etibarən, içinə girmiş olan Şəhriyar namındakı bir tanrını daşıyır və bütün ilhamlarını dilimizə Şəhriyar şəklində keçmiş olan bu tanrıdan alır və bu sifətlə müqəddəs və sorumsuz olur. Əsli iranlı olan bu nəzəriyyələr, İranın həşəməti və böyüklüyü sayəsində, bütün digər Şərq qövmlərinə də yayıldı. İslamiyyətdən öncə Asiya dövlətlərinin hamısında, bu nəzəriyyələrin olduğu kimi qəbul edildiyini görürük”                                                    

Əhməd bəy Ağaoğlu İslam dini ilə Zərdüştlük dinini müqayisə edərək, bu qənaətə gəlir ki, İslam dini Allahla insan arasında məsafə qoymur. İslamda insanların ilahiləşdirilməsi əsla yoxdur. Peyğəmbərlər belə günah işləyə bilir, İslamda təbiəti etibariylə günah işləyəməyə meyilli olan insanın günahını anlaması və bunu etməməsi əsasdır. İslam dini ilə Zərdüştlük dini kimi hökmdara məsumluq, sorumsuzluq kimi bir mövqe verə bilməzdi. İslamda hökumət yox, çamaat əsas götürülür.                     

Əhməd bəy Ağaoğlunun türklərin ilk dini sayılan şamanizmə dair fikirlərini onun “Tanrı dağında” adlı əsərindən geniş bir şəkildə öyrənmək olur. O, Şamanları “Tanrı qulu”, “Tanrı elçisi” adlandırırdı. Şamanları təsvir edərək yazırdı: “Əlindəki dəf Canavar dağı öküzünün dərisindən düzəldilmişdi. Dəfin çevrəsindəki zənglər min bir səs çıxarır, min bir dillə danışırdı. Belindəki tütək Göygöldən alınmış qutlu bir qamışdı. Günəşdən və ruzigardan yanmış bədənindən asılan parçalar birər tilsim və əfsundu. Başından uzanıb tökülən və çöhrəsini bürüyən saçlar qədim adət və ənənələrin dağınıq masalları idi”.                                                                                

Əhməd bəy Ağaoğluhəmçinin Şamanların canavarlardan qorxmadığınıvə onları qamışın səsi ilə ram edib ovsunlaya bildiklərini bildirirdi. O, ağ leyləyin insan başı üzərində üç dəfə dövrə vurmasını şamanizmdə duanın qəbulu əlaməti olduğunu yazırdı. Əhməd bəy “Tanrı dağında” əsərində suyun şamanizmdə müqəddəs olduğu fikrini Tanrıya qovuşmaq istəyənlərin ruhlarının təmizlənməsi və qəlblərinin saflaşması üçün Tanrı hüzuruna çıxmağa layiq olmağın ən əsas yollarından birinin də təmiz, saf axar suda çimmək olduğunu qeyd edirdi. Şamanizmdə suyun insan ruhunun kirini və pis qoxusunu təmizləmək gücündə olmasına inanılırdı. Əhməd bəy Şamanların ayinləri necə keçirdiklərini təsvir edərək yazır: “Sol əli ilə dəfi havaya atdı, sağ əli ilə tutdu və yavaş-yavaş yaxınlaşan bir fırtınanın gurultularını xəbər verən fəryadlar qoparmağa başladı. Gurultu getdikcə artdı və bəzən uçuşan qarğa sürülərini, bəzən də qartal bağırtılarını andırırdı, eyni zamanda üzərinə vurulan dəflər, dəmir parçaları, zənglər cürbəcür səslər çıxarırdı. Nəhayət, bu artıq bir fırtına deyil, dinləyənlərin şüurlarını boğan bir səslər şəlaləsi halını aldı. Şamanın özü də büsbütün başqalaşıb rəqsə başlamışdı. O, durmaqsızın atılıb-düşür, əyilir, bükülür, qıvrılır, düzəlir, yenidən havaya hoppanır, dəfi atıb tutur.                                                        

Əhməd bəy Ağaoğlunun Novruz bayramı münasibətilə yazdığı “Zərdüşt belə deyirdi” adlı məqaləsində onun Zərdüştlük dininə münasibəti, fikirləri öz əksini tapmışdır. Əhməd bəyin bu məqaləsi 9 mart 1903-cü ildə “Kaspi” qəzetinin 956-cı nömrəsində rus dilində dərc edilmişdir. O, “Zərdüşt belə deyirdi” adlı məqaləsində Zərdüştlük dininin tarixinin beş min il əvvələ qədər olduğunu və Zərdüştlük dininin peyğəmbəri olan Zərdüştün nəfsini, hisslərini ram edə bilmək, tərəddüd və ziddiyyətlərinin əzablarını aradan qaldıra bilmək üçün Midiya dağlarına çəkildiyini yazırdı. Əhməd bəy Zərdüştlük dinində təbiətlə birləşmənin, təbiətin bir hissəsinə çevrilmənin, təbiətdəki ən zəif səsi belə eşitməyin bütün bunları dərk edə bilmənin bu dinin ecazkarlığının və heyrətləndiriciliyinin sübutu olduğunu bildirirdi. O, Zərdüştün qəlbini və şəxsiyyətini çox yüksək qiymətləndirirdi. Zərdüştün amalının “Həyat, həyat, sən nə gözəlsən” deyiminə uyğun olduğunu, ona peyğəmbərliyin midiya dağlarında verildiyini, müqəddəs kitabla mükafatlandırıldığını qeyd edirdi. Zərdüştün çox hörmət edilən bir peyğəmbər olduğunu, iranlıların dəstə-dəstə onun görüşünə getdiklərini, onun danışığındakı həqiqətləri anlamağa çalışdıqlarını yazırdı. Zərdüştlük dinində mərhəmətliliyin, xeyirxahlılığın, xeyirin qələbəsinə inam, onun sonda şərə qalib gələcəyinə ümid vardır. Zərdüştlük dinində xeyir tanrısı Hörmüzd, şər tanrısı kimi isə Əhriman qəbul olunmuşdur. Zərdüşt insanlara daim xeyir işlər görməyi tövsiyə edirdi. Zərdüştlük dinində günəş həyat rəmzi və xeyirin təcəlli etdiyi surət hesab olunurdu. Zərdüşt insanlara günəşə doğanda da, batanda da xeyir-dua oxumağı, yazın gəlişini həmişə xeyirxahlıqla qarşılamağı məsləhət edirdi. O, Novruzun gəlişini günəşin soyuq, ölüm, xeyirin şər üzərində təntənəli qələbəsi kimi dəyərləndirirdi.