Bağdat’ta doğdu. Babanzâdeler’den Mustafa Zihni Paşa’nın oğludur. Galatasaray Sultânîsi ve Mülkiye Mektebi’nde okudu. Bir ara Hariciye Nezâreti Tercüme Kalemi’nde çalıştıktan sonra Maarif Nezâreti Yüksek Tedrisat müdürlüğüne getirildi (1911-1912). Galatasaray Sultânîsi’nde Arapça okuttu (1912-1914) ve Maarif Nezâreti Telif ve Tercüme Odası üyeliğinde bulundu (1914-1915). Daha sonra Dârülfünun Edebiyat Fakültesi’nde felsefe, mantık, ruhiyat ve ahlâk dersleri müderrisliğine başladı (1915); bu görevini Dârülfünun’un lağvedilmesine kadar (1 Temmuz 1933) aralıksız sürdürdü. Bu tarihte üniversite yeniden kurulurken açıkta bırakıldı.
     Ahmed Naim İstanbul’da 13 Ağustos 1934 Pazartesi günü öğle namazının ikinci rek‘atında secdede vefat etti. Mehmed Âkif, “Naim’in vefat haberi üzerime dağ gibi yıkıldı” diyerek üzüntüsünü dile getirirken aynı zamanda onun kaybının büyüklüğüne de işaret etmiş oluyordu. Kabri Edirnekapı Mezarlığı’nda, dostu Mehmed Âkif Ersoy’un mezarının yanındadır.
     Arapça, Farsça ve Fransızca’yı çok iyi bilen, Doğu ve Batı kültürünü tam mânasıyla hazmetmiş olan Ahmed Naim, Arap edebiyatından seçtiği parçaların tercüme ve şerhlerini Servet-i Fünûn dergisinde “Bedâyiu’l-Arab” başlığıyla neşrederek yazı hayatına başladı (1901). Edebiyat ve mûsiki dostu, Garp ilminin âşığı, fakat maddeciliğin amansız düşmanı bir felsefe âlimi idi. Velûd bir yazar değildi ama yazacağı konuyu Doğu ve Batı kaynaklarından inceledikten sonra kaleme alırdı. Taklitçi ve kuru bir mütercim olmayıp tenkit ve tercihler yapan bir düşünürdü. Özellikle tercümelerinde terimlerin tam karşılığını bulmak için büyük bir titizlik göstermiştir. Felsefe alanında değerli bir mütercim olduğunu, Georges Fonsgrive’in birçok terim ihtiva eden psikoloji kitabını İlmü’n-nefs adıyla Türkçe’ye çevirmekle ispat etmiştir. Telif ve Tercüme Odası’nda üye iken de aynı hassasiyeti gösterir, kabul ettiremediği fakat doğru olduğuna inandığı terimleri kendi eserlerinde kullanırdı. Tecrîd-i Sarîh Tercemesi’nde, Türk dilini kullanmadaki ustalığı yanında Arapça kelimelerin en uygun karşılığını bulmadaki mahareti de açıkça görülmektedir. Ahmed Naim, maddeciliğe ve belli bir hizbe bağlılık gösterenlere karşı çıkarak onlarla mücadele ettiği gibi eski usulle Arapça öğretimine de cephe aldı. Ayrıca hadis okutma usulünün ıslaha muhtaç olduğunu ortaya koydu. Türk dilinin istiklâlinin korunmasına dair yazılar yazdı; ilmî terimlere dokunulmadan Türkçe’nin arındırılmasını ve üslûbun sadeleştirilmesini savundu. Kendisine “Arapçacı” denmesine rağmen yazılarında Türkçe’yi ustalıkla kullandı. Hatta onun Mehmed Âkif’le birlikte Âsım Efendi’nin Kāmus Tercümesi’ndeki Türkçe kelimeleri seçerek bir Türk lugatı yapmaya çalıştığı, ancak bu teşebbüsün yarım kaldığı da bilinmektedir.
     Ahmed Naim, tarihî ve millî hâtıraları övmenin insanı ciddi surette yanıltacağını ve hurafelere düşüreceğini savunarak Yahya Kemal ile yaptığı bir münakaşadan on yıl kadar sonra onunla karşılaştığında, Yahya Kemal’in deyişiyle, müminlere yakışır samimi bir üzüntüyle kusurunun bağışlanmasını dilemiş ve böylece onu hayretler içinde bırakmıştı. O, meziyetlerini gizleme, düşmanının bile değeri varsa o değeri tanıma, dostlarını onların gıyabında da sevme meziyetlerine sahipti. “Sormazsan mâlumatını söylemeyen”, “dinlemesini bilen”, “sözü senet teşkil eden” güvenilir adam özellikleriyle Mehmed Âkif’in “ashaptan sonra en sevdiği kişi” olan Ahmed Naim’in İslâm’a bağlılığı tamdı. İlim ve irfan erbabı kimselerle sohbet etmekten çok hoşlanırdı. Kayınpederi Fâtih türbedarı Ahmed Amiş Efendi’ye intisap etmişti. Şâfiî mezhebine mensuptu. İslâm birliği ve kardeşliği konusunda çok titiz ve dikkatli olup bu birliğe zarar verme ihtimali bulunan her harekete karşı çıkmıştır. Türkçülük cereyanlarına Türk olmadığı için cephe aldığı ileri sürülen Ahmed Naim, İslâm birliği açısından sakıncalı bulduğu Arap İttihat Kulübü’nün isim ve kuruluşunu da tenkit etmiştir. Kavmiyet ve cinsiyet davası gütmeyi İslâm’ın varlığı için kanser kadar tehlikeli bulmuş, bunu “yabancı bir bid‘at”, “Frenk hastalığı” olarak nitelendirmiş ve bu davanın faydalı ve zararlı taraflarını Kur’an ve Sünnet’e dayanarak izah etmeye çalışmıştır.
     Eserleri.
1. Temrînât (Arapça dersleri)
2. Hikmet Dersleri
3. Felsefe Dersleri (İstanbul 1333)
4. Mebâdî-i Felsefeden İlmü’n-nefs
5. İlm-i Mantık (Elie Rabier’den tercüme)
6. Tevfik Fikret’e Dair (İstanbul 1336)
7. Ahlâk-ı İslâmiyye Esasları
8. İslâmda Da‘vâ-yı Kavmiyyet
9. Kırk Hadis
10. Sahîh-i Buhârî Muhtasarı Tecrîd-i Sarîh Tercemesi ve Şerhi

     Ayrıca çeşitli dergilerde, özellikle Sırât-ı Müstakîm ve Sebîlürreşâd’da birçok makalesi yayımlanmıştır.