27 Temmuz 1762'de İstanbul’da doğdu. Babası, adı geçen mevlevîhanenin şeyhlerinden Kütahyalı Seyyid Ebûbekir Dede, annesi ise Galata Mevlevîhanesi şeyhlerinden Kutbünnâyî Osman Dede’nin kızı Saîde Hanım’dır. Doğumundan bir müddet sonra, amcası Ömer Dede’nin oğlu semâzenbaşı Sahîh Ahmed Dede’nin (ö. 1813) himayesine verildi. Daha on dört yaşlarında iken bilhassa dinî bilgilerde yetişmiş bir kişi olarak kendini göstermeye başladı. Babasının 3 Receb 1189’da (30 Ağustos 1775) vefatı üzerine Yenikapı Mevlevîhanesi’ne şeyh tayin edilerek kendisine Çelebi Ebûbekir Efendi tarafından destar* giydirildi. Otuz sene şeyhlik makamında bulunduktan sonra Cemâziyelevvel 1219’da (Ağustos 1804) dergâhtaki odasında vefat etti ve aynı dergâhın hazîresine defnedildi. Defter-i Dervîşân’da Afîfe adında bir kızının olduğu kaydedilmektedir.
     Derin ilmi, mütevazi kişiliği ile herkesin hürmetini kazanarak devrinin belli başlı şeyhleri arasında yer alan Ali Nutkî Dede ayrıca edebiyat ve mûsiki ile de meşgul olmuştur.
     Çeşitli kaynaklarda, önceleri babasının verdiği Memiş, daha sonra da Nutkî mahlasını kullanarak yazdığı manzumelere rastlanmaktadır. Şeyhliği sırasında dergâha intisap eden, mukabeleye giren ve çilelerini dolduran dervişler ile Yenikapı Mevlevîhanesi hakkında çeşitli bilgilerin yer aldığı Defter-i Dervîşân adıyla bilinen bir esere başlamıştı. Ancak vefatı üzerine yarım kalan bu eser, kardeşi Şeyh Abdülbâki Nâsır Dede tarafından tamamlanmıştır.
     Ali Nutkî Dede’nin edebiyat ve mûsiki alanında ün yapmış birçok kişinin yetişmesinde de büyük emeği geçmiştir. Bunlar arasında, Konya’da başladığı çilesini İstanbul’da Ali Nutkî Dede’nin yanında tamamlayan Şeyh Galib ile haftanın belirli günleri bu dergâha devam eden Hammâmîzâde İsmâil Dede Efendi bilhassa zikredilmelidir.
     Ali Nutkî Dede’nin bestelediği ve ölümünden bir ay kadar önce dergâhta okunan Şevkutarab Mevlevî Âyini'ni talebesi olmasına rağmen İsmâil Dede’ye ithaf etmesi, aralarındaki samimiyetin bir neticesidir. Ali Nutkî Dede’den zamanımıza ulaşan tek eser olan bu Mevlevî âyininin Türkiye’de ayrı zamanlarda yapılan iki nota neşrinde İsmâil Dede’nin eserleri arasında gösterilmesinin sebebi anlaşılamamıştır.